W bazylice oo. Dominikanów przy ul. Stolarskiej odprawiona została msza pogrzebowa, której przewodniczył bp Grzegorz Ryś; homilię wygłosił o. prof. Jan Andrzej Kłoczowski OP. Zmarłego w bazylice pożegnali także: Dorota Segda, Jerzy Trela i Henryk Woźniakowski. Po mszy kondukt pogrzebowy udał się na Cmentarz Salwatorski. Według ostatniej woli, Andrzej Wajda życzył sobie spocząć w grobowcu rodzinnym.

Przed nabożeństwem w bazylice była wystawiona urna z prochami. Przed kościołem ustawiła się kolejka krakowian, czekających na ostatnie pożegnanie z Andrzejem Wajdą. Zmarłego pożegnali bliscy i rodzina oraz największe postaci polskiego filmu i kultury, m.in.: Bronisław i Anna Komorowscy, Janina Ochojska, Michał Rusinek, Adam Michnik, Andrzej Seweryn, Wojciech Pszoniak, Jerzy Trela, Maja Komorowska, Dorota Segda, Krzysztof Globisz, Agata Buzek. Pożegnali również prezydent Krakowa Jacek Majchrowski i europosłanka Róża Thun. Rodzina Andrzeja Wajdy prosiła, by na pogrzeb nie przynosić kwiatów, a w zamian wesprzeć hospicjum św. Łazarza.

W trakcie uroczystości odczytano listy pożegnalne – Lech Wałęsa (w jego imieniu list odczytał Jerzy Trela), napisał, że Andrzej Wajda „należał do pokolenia Bronisława Geremka, Tadeusza Mazowieckiego, Władysława Bartoszewskiego, do pokolenia rozumiejącego, jak tragiczna może być historia”. Roman Polański (list odczytał Andrzej Seweryn): „Twoje zamiłowanie do prawdy i dbałość o szczegół wywarły na mnie wrażenie i chyba próbowałem Cię naśladować”. Agnieszka Holland w pożegnaniu napisała (czytał je Wojciech Pszoniak): „Nie mogę dziś byś, by Cię pożegnać, bo robię właśnie to, co Ty kochałeś robić całe życie: siedzę na krzesełku reżysera. […] Sam nie lubiłeś pogrzebów, więc myślę, że dziś też jesteś gdzie indziej. Może w Krakowie jest teraz jakaś ciekawa wystawa…”.

O. Jan Andrzej Kłoczowski OP w homilii powiedział, że Zmarły uczył ludzi patrzeć tak, by coś widzieli, a nie tylko się gapili. Dominikanin poruszająco mówił – Wajda kochał Polskę, a każda dojrzała miłość boli. […] Bo mówiąc za Norwidem, Polak jest wielki, ale człowiek w Polaku jest mały. Boli wadami, kłótliwością i zaciekłą małością ludzką – wyjaśniał.

Andrzej Wajda, jak każdy wielki człowiek nie bał się ludzi, wręcz ich potrzebował. Od malarstwa odszedł, bo to sztuka samotnych – mówił o. Kłoczowski w kazaniu. – I cóż ma robić twórca? Jak śpiewał znany poeta, „róbmy swoje”. I Wajda robił swoje. A jak to robił! Opowiadał o człowieku, opowiadał Polakowi o Polsce, ale i światu opowiedział o Polsce, robiąc to na najwyższym poziomie artystycznym – dodał.

Po mszy pożegnała Andrzeja Wajdę rektor krakowskiej PWST Dorota Segda. Powiedziała między innymi: – Gdy miałam 40 lat i źle się z tym czułam Andrzej, który miał wtedy 80 lat, powiedział mi, że gdyby miał 40 lat, założyłby teatr objazdowy. Mam nadzieję, że teraz uda mu się to marzenie zrealizować, a Krysia będzie mu pisać wspaniałe scenariusze. – mówiła Dorota Segda.

Po niej głos zabrał Henryk Woźniakowski, prezes Znaku, przyjaciel Andrzeja Wajdy. – Imię i nazwisko Andrzeja Wajdy wyznaczają nasze czasy. Będzie się mówiło, że żyliśmy w czasach Wajdy. […] Wajda należy do pokolenia, które doświadczyło okropności wojny i zostało przez nie ukształtowane. To pokolenie ludzi niestrudzonych, niespoczywających na laurach. – Panie Andrzeju, spełnij wszystkie swoje niezrealizowane projekty dla niebieskiej widowni – zakończył mowę Henryk Woźniakowski.

Z bazyliki oo. Dominikanów kondukt pogrzebowy przejechał na Cmentarz Salwatorski. Swego Mistrza żegnało tam wielu aktorów, m.in. Krystyna Janda, Bogusław Linda, Andrzej Grabowski, Andrzej Chyra, Daniel Olbrychski, byli też studenci krakowskiej PWST.