Prace nad projektem metra w Krakowie prowadzone były wieloetapowo i przy udziale wielu gremiów. Nad projektem pracował zespół ekspertów z urzędu, miejskich jednostek i środowisk naukowych, który przygotowuje dokumentację środowiskową, analizował możliwe trasy i integrację metra z innymi środkami transportu. Prace są koordynowane z aktualizacją strategii Miasta Krakowa oraz planu ogólnego. Istotną rolę w procesie przygotowania krakowskiego metra odgrywa Rada Techniczno-Naukowa ds. Metra – grono ekspertów, które wspiera Miasto merytorycznie w podejmowaniu kluczowych decyzji projektowych. Zespół zidentyfikował najpoważniejsze generatory ruchu – największe osiedla mieszkalne, obszary akademickie, działalności gospodarczej i miejsc pracy, a także największe obszary mieszkalne – także w ujęciu przyszłościowym.