Początki największej w branży firmy komunalnej w Polsce sięgają 1866 roku.

Dzieje Miejskiego Przedsiębiorstwa Oczyszczania nierozerwalnie wiążą się z historią krakowskiego samorządu. Obecne MPO ma wyjątkowy status, bo jest jedyną miejską spółką wyrosłą wprost z Magistratu. W 1867 roku ukazało się zarządzenie, by wszystkie ulice – tak w śródmieściu, jak i na przedmieściach – przynajmniej raz dziennie zamiatano i oczyszczano. W kolejnym roku prezydent Dietl ogłosił program całościowo ujmujący sprawy powiązane z czystością, porządkiem i bezpieczeństwem sanitarno-epidemiologicznym. W 1880 roku czyszczeniem miasta zajmował się oddział, liczący 50 ludzi, a z każdym kolejnym rokiem wprowadzano nowe przepisy i regulacje. W 1884 roku uchwalono „Regulamin utrzymania czystości i porządku dla stołeczno-królewskiego miasta Kraków”.

Rada Miasta przyjęła 12 czerwca 1992 roku uchwałę o przekształceniu Miejskiego Przedsiębiorstwa Oczyszczania w Krakowie w spółkę prawa handlowego, w jednoosobową spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością Gminy Kraków.